Jusqu’au XIXe siècle, les anciens monuments gallo-romains sont complètement recouverts par la végétation. Les habitants de la région ont oublié l’ancienne fonction du site et les monuments qui y étaient associés. La colline était le lieu de nombreuses fables locales (souterrain de brigand, lion d’or des Bouchauds), dont le décor était les imposantes ruines du vomitoire côté est, qui est le seul reste visible du théâtre antique. Les légendes expliquaient également que ces vestiges accueillaient des fées. C'est pour cette raison, qu'aujourd'hui encore, cette partie du site porte le nom de "Château des Fades", ce qui signifie le château des fées.
La redécouverte du site débute en 1864, quand Jean Gontier, natif de Mérignac, acquiert une propriété à Dorgeville. Après plusieurs procédures, il finit par acquérir le terrain autour du « Château des Fades ». De 1865 à 1869, cet érudit entreprend de dégager les ailes, il identifie le monument et met à jour, à ses frais, diverses substructures. En 1869, il est aidé financièrement par la Société archéologique et historique de la Charente et la Société française d’archéologie. Après acquisition des terrains concernant la partie centrale du théâtre, de nouveaux dégagements ont lieu entre 1879 et 1882. Le 23 décembre 1881, le site est classé aux Monuments historiques.
À partir de 1882, les explorations semblent cesser, Jean Gontier souhaite que le théâtre soit racheté par le département ou l’État. Cependant, devant le manque d’empressement des autorités à accéder à son souhait, il se désespère. Il se suicide le 28 mai 1894, il est inhumé à côté du théâtre. Sa tombe est visible grâce à l’installation en 1968 par l'association Germanicomagus d’une dalle commémorative par l'association Germanicomagus.
Son héritier vend le terrain, c’est Monsieur Laporte-Bisquit, sénateur de la Charente et maire de Jarnac qui s’en porte acquéreur.
La famille, nouvellement propriétaire, décide de dégager l’intégralité du monument. Pour ce faire, ils demandent à être conseillé par le Père Camille de la Croix, qui accepte en 1901. Cet archéologue belge résidant à Poitiers, réalise des plans et des coupes des nouvelles découvertes. Il a le souci de conserver les vestiges mis au jour. Pour protéger le monument, il fait installer des piquets et du fil de fer, ainsi qu’une clôture pour empêcher les troupeaux de venir paître sur le site. En 1908, il publie un compte-rendu, dont il fait la lecture devant la Société Archéologique de Charente.
L’œuvre du Père de la Croix a été primordiale pour la mise en valeur du théâtre, dont l’aspect actuel lui doit beaucoup.
L’histoire archéologique du site reprend avec Gustave Raby. Cet habitant des Bouchauds était un grand admirateur de Jean Gontier. Il voulait développer le site et lui donner une dimension touristique, culturelle et archéologique. Pour lui, cette renaissance devait être l’œuvre commune des agriculteurs et des habitants des Bouchauds des campagnes environnantes. Dans ce but, il fonde en 1968 l’association Germanicomagus Société des amis du théâtre gallo-romain des Bouchauds. Par ailleurs, il crée une société immobilière, Germanicomagi Praedia, qui a en charge l’achat de parcelles jouxtant le théâtre, parcelles destinées à la fouille ou à la mise en valeur du site. Enfin, il obtint du ministère de la Culture que des fouilles programmées soient entreprises sur le site.
Ces fouilles débutent durant l’été 1974, sous la direction de Louis Maurin. Le grand plateau qui domine le théâtre est fouillé, l’archéologue découvre un vaste sanctuaire datant de l’époque gallo-romaine. Entre 1978 et 1995, l’archéologue François Thierry dirige les fouilles au sommet de la colline, il y dégage l’intégralité du sanctuaire.
Depuis 2016, des fouilles ont repris sur le site des Bouchauds sous la direction de Lucie Carpentier. Ses objectifs sont de mieux connaître les différents accès qui permettaient aux fidèles de rentrer dans le sanctuaire et les différentes modalités de circulation de ces mêmes fidèles à l'intérieur. Plusieurs compagnes de fouilles auront pour objectif de résoudre la question de la relation entre le sanctuaire et le théâtre. Lucie Carpentier a déjà permis d'actualiser le plan du sanctuaire.
Illustrations tirées de : A. Aeberhardt, L'angoumois gallo-romain et de F. Thierry, Les ruines gallo-romaines des Bouchauds.